在條件較困難的地方，也可以用木制無菌箱代替超凈臺。無菌箱結構簡單，便于移動，箱正面開有兩個洞，不操作時用推拉式小門擋住，操作時可以將雙臂伸進去。正面上部裝有玻璃，便于在內部操作，箱內部裝有紫外線燈，從側面小門可以放進去器具和菌種等。
在獲得了無菌環境和無菌材料后，還要保持無菌狀態，才能對某種特定的已知微生物進行研究或利用它們的功能，否則外界的各種微生物很容易混入。外界不相干的微生物混入的現象，在微生物學中叫做污染雜菌。
無菌室應定期用適宜的液清潔，以保證無菌室的潔凈度符合要求。 需要帶入無菌室使用的儀器，器械，平皿等一切物品，均應包扎嚴密，并應經過適宜的方法。 工作人員進入無菌室前，必須用肥皂或液洗手，然后在緩沖間更換專用工作服，鞋，帽子，口罩和手套(或用75%的乙醇再次擦拭雙手)，方可進入無菌室進行操作。
無菌室前，應將所有物品置于操作之部位（待檢物例外），然后打開紫外燈30分鐘，時間一到，關閉紫外燈待用 進入無菌室前，必須于緩沖間更換過的工作服、工作帽及工作鞋。 操作應嚴格按照無菌操作規定進行，操作中少說話，不喧嘩，以保持環境的無菌狀態。 吸取菌液時，必須用吸耳球吸取，切勿直接用口接觸吸管，如吸管碰到手及其它未的物體，必須重 新 更 換 ，以 防污染 。
