在條件較困難的地方，也可以用木制無菌箱代替超凈臺。無菌箱結構簡單，便于移動，箱正面開有兩個洞，不操作時用推拉式小門擋住，操作時可以將雙臂伸進去。正面上部裝有玻璃，便于在內部操作，箱內部裝有紫外線燈，從側面小門可以放進去器具和菌種等。
無菌室使用前必須打開無菌室的紫外燈輻照30分鐘以上，并且同時打開超凈臺進行吹風。操作完畢，應及時清理無菌室，再用紫外燈輻照30分鐘。 供試品在檢查前，應保持外包裝完整，不得開啟，以防污染。檢查前，用75%的酒精棉球外表面。 每次操作過程中，均應做陰性對照，以檢查無菌操作的可靠性。 吸取菌液時，必須用吸耳球吸取，切勿直接用口接觸吸管。 接種針每次使用前后，必須通過火焰灼燒，待冷卻后，方可接種培養物。 帶有菌液的吸管，試管，培養皿等器皿應浸泡在盛有5%來蘇爾溶液的桶內，24小時后取出沖洗。 凡帶有活菌的物品，必須經后，才能在水下沖洗，嚴禁污染下水道。
無菌室應定期用適宜的液清潔，以保證無菌室的潔凈度符合要求。 需要帶入無菌室使用的儀器，器械，平皿等一切物品，均應包扎嚴密，并應經過適宜的方法。 工作人員進入無菌室前，必須用肥皂或液洗手，然后在緩沖間更換專用工作服，鞋，帽子，口罩和手套(或用75%的乙醇再次擦拭雙手)，方可進入無菌室進行操作。
無菌室一般為4 — 5 平方米、高 2.5 米的獨立小房間（與外間隔離），專辟于微生物實驗室內，可以用板材和玻璃建造。無菌室外要設一個緩沖間，錯開門向，以免氣流帶進雜菌。無菌室和緩沖間都必須密閉、室內裝備的換氣設備必須有空氣過濾裝置。在獲得了無菌環境和無菌材料后，只有保持無菌狀態，才能對某種特定的已知微生物進行研究。
