1.無菌室應設有無菌操作間和緩沖間，無菌操作間潔凈度應達到10000級，室內溫度保持在18-24℃，濕度保持在45-65%。超凈臺潔凈度應達到100級。
2.無菌室應保持清潔，嚴禁堆放雜物，以防污染。
3.嚴防一切器材和培養基污染，已污染者應停止使用。
4.無菌室應備有工作濃度的液，如5%的甲酚溶液，75%的酒精，0.1%的新潔爾滅溶液，等等。
無菌室使用前必須打開無菌室的紫外燈輻照30分鐘以上，并且同時打開超凈臺進行吹風。操作完畢，應及時清理無菌室，再用紫外燈輻照30分鐘。
供試品在檢查前，應保持外包裝完整，不得開啟，以防污染。檢查前，用75%的酒精棉球外表面。
每次操作過程中，均應做陰性對照，以檢查無菌操作的可靠性。
吸取菌液時，必須用吸耳球吸取，切勿直接用口接觸吸管。
接種針每次使用前后，必須通過火焰灼燒，待冷卻后，方可接種培養物。
帶有菌液的吸管，試管，培養皿等器皿應浸泡在盛有5%來蘇爾溶液的桶內，24小時后取出沖洗。
凡帶有活菌的物品，必須經后，才能在水下沖洗，嚴禁污染下水道。
在條件較困難的地方，也可以用木制無菌箱代替超凈臺。無菌箱結構簡單，便于移動，箱正面開有兩個洞，不操作時用推拉式小門擋住，操作時可以將雙臂伸進去。正面上部裝有玻璃，便于在內部操作，箱內部裝有紫外線燈，從側面小門可以放進去器具和菌種等。
無菌室應保持清潔整齊，室內僅存放必須的檢驗用具如酒精燈、酒精棉、火柴、鑷子、接種針、接種環、玻璃鉛筆等。&不要放與檢測無關的物品。室內檢驗用具及凳桌等保持固定位置，不隨便移動。每2—3周用2%石炭酸水溶液擦拭工作臺、門、窗、桌、椅及地面，然后用3%石炭酸水溶液噴霧空氣，紫外燈半小時
