供試品在檢查前，應保持外包裝完整，不得開啟，以防污染。檢查前，用70%的酒精棉球外表面。
每次操作過程中，均應做陰性對照，以檢查無菌操作的可靠性。
吸取菌液時，必須用吸耳球吸取，切勿直接用口接觸吸管。
接種針每次使用前后，必須通過火焰灼燒，待冷卻后，方可接種培養物。
帶有菌液的吸管，試管，培養皿等器皿應浸泡在盛有5%來蘇爾溶液的桶內，24小時后取出沖洗。
無菌室內配置了百級超凈工作臺也并不是所有都可以進行實驗的，一般常規的菌落總數、微生物培養、血細胞培養、研究、干細胞研究、大腸菌等實驗可以在百級超凈臺進行。但是如果需要做致病，為了達到保護實驗室人員的問題，就必須得建造生物實驗室，使用生物柜進行實驗。該類實驗不能在普通的無菌實驗室中進行。
無菌室外源性污染源，主要是通過門和無菌室內外通道侵入的室外空氣。因此無菌室的布置通常都采用按照工藝操作的關鍵程度，潔凈度的高低由里往外逐級減弱，抵御室外污染空氣的侵入。同時為物料和人員進出無菌室設置相應的控制措施，例如物料的氣閘、人員的無菌更衣系統以及室內廢棄物傳遞出來的通道等。無菌室內的污染源，主要來自于無菌室內必要的操作人員和部分工藝設備，通常無菌室內操作人員的四周區域是潔凈度最差的區域，也是無菌技術中重要的控制內容。
無菌室應保持清潔整齊，室內僅存放必須的檢驗用具如酒精燈、酒精棉、火柴、鑷子、接種針、接種環、玻璃鉛筆等。&不要放與檢測無關的物品。室內檢驗用具及凳桌等保持固定位置，不隨便移動。每2—3周用2%石炭酸水溶液擦拭工作臺、門、窗、桌、椅及地面，然后用3%石炭酸水溶液噴霧空氣，紫外燈半小時。
