養殖場收集污水先經過格柵池，通過人工格柵除去粗大固體雜物后進入調節池，調節池可以調節水質水量，對劇烈的水質水量波動起均化調節作用，使其濃度符合發酵要求。
污水提升進入厭氧發酵罐。污水在其中處于厭氧狀態，通過和甲烷菌的作用下，將污水中的有機物分解為甲烷水和二氧化碳。厭氧出水進入生物好氧接觸氧化池進行好氧生化處理，厭氧池水解的小分子有機物等在這里經過好氧微生物的作用進一步分解;池內安裝有生物填料，池底進行曝氣，好氧菌附在填料上，形成生物膜，生物膜依靠污水中的有機物提供營養，在充分曝氣的條件下，消耗掉污水中的有機物，達到降低污水中有機物的目的。
接觸氧化后出水經沉淀處理，自流入氧化塘，氧化塘內設置曝氣設備可以對污水進一步處理，氧化塘對于濃度不高的有機污水具有很高的處理效率，同時具有去除氮、磷的效果。經過氧化塘處理，污水完全達到農用水標準。污水經過氧化塘后注入回用水池，回用水池設置了回用水泵，處理后污水的60%通過回用水泵做養殖場沖洗水。其余40%達標水從這里被提升作為農田的灌溉用水，達到全部回收利用的目的。