三格式化糞池是由三個相互連通的密封糞池組成，糞便由進糞管進入池依此順流至第三池，其各池的主要原理：
池
主要截留含蟲卵較多的糞便，糞便經發酵分解，松散的糞塊因發酵膨脹而浮升，比重大的下沉，因而形成上浮的糞皮、中層的糞液和下沉的糞渣。利用寄生蟲的比重大于糞尿混合液的原理使其自然沉降于化糞池底部。利用糞液的浸泡和翻動化解糞塊使其液化并截留糞渣于池底。厭氧發酵：化糞池的密閉厭氧環境，可以分解蛋白性有機物，并產生氨等物質，這些物質具有殺滅寄生蟲卵及病菌的作用。
第二池
起進一步發酵、沉淀作用，與池相比，第二池的糞皮和糞渣的數量減少，因此發酵分解的程度較低，由于沒有新糞便的進入，糞液處于比較靜止狀態，這有利于漂浮在糞池中的蟲卵繼續下沉。
第三池
主要起儲存糞液的作用。經前二格處理的糞液進入第三池，基本上已經不含寄生蟲卵和病原微生物，達到了糞便無害化要求，可以供農田直接施肥。
進化糞池的人得帶好防毒面具和防毒服，還有得帶好帶，帶上要捆上一根能夠承重100公斤以上的繩子，繩子的另一頭捆在露在化糞池外的梯子上。
化糞池上面得有兩到三個人隨時注意化糞池里面的情況，要是下面情況不對的地方就把清掏化糞池的工作人員給拉上來。
作業標準
1、化糞池內清理的糞便污水、污漬清運并妥善處理。
2、確保服務范圍內所有化糞池糞便污水不外溢。
3、如出現化糞池污水外溢等異常情況，接到通知后須在8小時內到達處理。
4、在清理化糞池的過程中，應當采取相應的防范措施。