第二池
起進一步發酵、沉淀作用，與池相比，第二池的糞皮和糞渣的數量減少，因此發酵分解的程度較低，由于沒有新糞便的進入，糞液處于比較靜止狀態，這有利于漂浮在糞池中的蟲卵繼續下沉。
第三池
主要起儲存糞液的作用。經前二格處理的糞液進入第三池，基本上已經不含寄生蟲卵和病原微生物，達到了糞便無害化要求，可以供農田直接施肥。
貯糞池
貯糞池由二根過糞管連通的三個格室的密封池組成。根據其主要功能依次可命名為截留沉淀與發酵池、再次發酵池和貯糞池。三池之間由過糞管連接。有斜插管及倒U形、倒L形管等，但以斜插管為。過糞管采用內徑為100～150mmPVC塑料管為宜，也可以用水泥預制、陶管等其它材料、要求內壁光滑。為防止堵塞，考慮糞池的大小與流量，可適當增加過糞管的數量。
三格的比例
池和第二池的容積不同，對寄生蟲卵沉淀的效果有一定影響。如果池的容積過小，糞便貯留的時間短，達不到糞便分解和沉淀的目的，糞便和蟲卵可能進入第二池，不儀增加了第二池的負擔，而且容易造成過糞管堵塞。如果第二池容積相對較小，糞便在第二池停留的時間短，則糞便無害化處理效果就差。三個池的比例一般應為2：1：3，池貯存20天，第二池貯存10天，第三池貯存30天。
寄生蟲卵一般都集中在糞皮和糞渣中，因此，過糞管位置要放在寄生蟲卵較少的中層糞液。過糞管位置較好的設置應分別斜插安裝在兩堵隔墻上：其中池到第二池過糞管下端位置在池的下1/3處，上端在第二池距池頂100mm左右：第二池到第三池過糞管下端位置在第二池的下端1/3或中部1/2處、上端在第三池距池頂100左右，過糞管與隔墻的水平夾角應呈60度。