三格式化糞池是由三個相互連通的密封糞池組成，糞便由進糞管進入池依此順流至第三池，其各池的主要原理：
池
主要截留含蟲卵較多的糞便，糞便經發酵分解，松散的糞塊因發酵膨脹而浮升，比重大的下沉，因而形成上浮的糞皮、中層的糞液和下沉的糞渣。利用寄生蟲的比重大于糞尿混合液的原理使其自然沉降于化糞池底部。利用糞液的浸泡和翻動化解糞塊使其液化并截留糞渣于池底。厭氧發酵：化糞池的密閉厭氧環境，可以分解蛋白性有機物，并產生氨等物質，這些物質具有殺滅寄生蟲卵及病菌的作用。
第二池
起進一步發酵、沉淀作用，與池相比，第二池的糞皮和糞渣的數量減少，因此發酵分解的程度較低，由于沒有新糞便的進入，糞液處于比較靜止狀態，這有利于漂浮在糞池中的蟲卵繼續下沉。
第三池
主要起儲存糞液的作用。經前二格處理的糞液進入第三池，基本上已經不含寄生蟲卵和病原微生物，達到了糞便無害化要求，可以供農田直接施肥。
用防濺式直通便器和水封便器則不必下接進糞管第二池頂應密封，但也要留有清渣口，第三池蓋頂留有出糞口，出糞口用蓋密封。
其它配套物品
潔凈衛生紙存放箱，便紙簍、掃帚及刷子，盛水器皿、照明設施、通風設備等。
設計清掏周期過長，則化糞池容積過大，增加造價。《建筑給水排水設計規范》（GBJ15-88）（以下簡稱《規范》）要求清掏周期為3～12個月，實際設計中多取3～9個月，而酸性發酵階段的酸性發酵期為3個月，酸性減退期為5個月左右。實踐證明：清掏周期的取定，應兼顧污水處理效果、建設造價、管理三個方面因素清掏周期一般不宜少于12 個月。好的專業素質和高度的責任感.