錦鯉的卵徑一般2.1mm～2.6mm，產出后吸水膨大，卵膜外舉，黏性，會黏附于魚巢上孵化。 待親魚產完卵后，水面平靜，親魚沉入水底時應及時取出附滿卵的魚巢，以免親魚食卵，用5％～7％的食鹽水浸泡5分鐘，或百分之三的藍溶液中浸泡5分鐘，防止水霉病的發生，再放入孵化池中孵化。
錦鯉人工授精的操作過程與金魚的人工授精方法基本一致，只不過是錦鯉的個體較大，在做人工授精時要將親魚抱在手中，用一手握住魚的尾柄，一手握住魚的頭下背脊處，腹部朝上成45度角，輕輕擦干體表，然后輕壓雌魚腹部，使卵子流入干燥的白色臉盆中。
同時將雄魚的精液擠于其上，用過的羽毛輕輕攪拌，使之授精，2分鐘～3分鐘后，即將受精卵均勻地倒入預先置于淺水臉盆的魚巢上，靜置十幾分鐘后待受精卵粘固，用清水洗去精液，即可進行孵化。
挑選工作在孵出后3個多月內進行3次～4次。挑選因品種的不同、生長速度和斑紋出現時間等方面的差異而略有不同。挑選時，首先去掉畸形、色彩不鮮艷的魚，還要依照花紋的生長狀況和質量標準進行挑選。