電子油門加速器缺點：增加油耗，由于油門加速器提升了油門響應，相當于將駕駛風格更加趨于“激烈”的風格，這樣無疑會增加油耗。不過油耗增加并不是很高。操控難度加大電子油門加速器一旦安裝，無論當前的路況，駕駛者都會忠實地執行。
加裝電子油門加速器對車子的正常使用沒有影響的。電子油門加速器通常輸出值，都是在發動機核定功率內。不會對汽車有任何危害。
電子油門加速器的弊端？電子油門加速器的弊端主要是使車輛操作難度變大、車輛油耗增加和不方便駕駛。
1、車輛操作難度變大：
手動擋的車型在加裝電子油門加速器后，油門變的更加靈敏。所以在車輛起步或者換擋時，油離配合就會更難，可能會出現加油不走或者車輛憋死的情況。
2、車輛油耗增加：
由于油門更加敏感，在車輛行駛中或多或少就會使油耗有所增加。但是油耗增大程度并不算特別嚴重，一般是可以接受的。
3、不方便駕駛：
當汽車加裝電子油門加速器后，車輛的駕駛風格就變得更加激進，自動擋車型降擋就會更加積極。在某些道路情況復雜或者雨雪天氣下，電子油門加速器激進的風格會不方便駕駛員駕駛，并且還會帶來一定的隱患。
2、提供虛擬駕駛風格供ecu調整發動機參數：現代發動機的ecu普遍具有駕駛風格自適應能力，如果駕駛者經常快速深踩油門（俗稱拉轉速），ecu會逐漸認為駕駛者的風格趨向“激烈”，這樣發動機會慢慢調整節氣門、噴油系統等以得到這種風格下發動機的調整參數。使用電子油門加速器后，即使按照以前“溫和”的駕駛風格進行駕駛，發動機依然會得到“激烈”的駕駛體會，這相當于欺騙了ecu，久而久之，發動機會自動修改其各項參數以適應該風格。