一般的代理記賬公司會接手客戶全部的財務處理，即有關財務的全部內容。主要有銀行、工商、稅務、公積金以及社保等方面的財務處理。而財務代理就有所不同。財務代理一般按照財務模塊分開，既可以負責整個完整的多模塊財務處理，也可以負責部分的單個或多個模塊的財務處理。
財務代理的服務對象范圍更為廣闊。一般包括中小企業，大型企業以及跨國公司等。而對于代理記賬公司來說，服務對象就相對有些局限。一般的代理記賬公司的服務對象為不設立會計人員崗位或者會計機構的企業。
代理記賬公司處理過程中遇到的公司應交稅為負數的問題該怎么解決呢？一般來說，解決辦法很簡單。，增值稅可以用于公司日后稅務的抵押，一般可以不做處理。這其中還得分為兩種情況。種呢，是少計提了稅金，則必須由公司相關人員出面來補計提。第二種是多余的金額用以抵押日后的稅金，要向有關部門即稅局進行申請。
代理公司稅務內部職責 1 填寫各項稅務報表及附表，辦理納稅申報，包括電子申報和語音申報； 2 根據公司的營業范圍和實際經營情況，辦理稅收減免和退稅的申請； 3 協助公司辦理發票購領、稅務局對發票的檢查和發票繳銷； 4 配合公司做好稅務專項檢查和臨時稽查。 5 協助公司處理相應稅務溝通，稅務行政復議及申訴事項。
