預付款保函除在國際工程承包項目中使用外，也適用于貨物進出口、勞務合作和技術貿易等業務。例如，在成套設備及大型交通工具的合同中，通常采用帶有預付性質的分期付款或延期付款支付部分價款。在這種交易中，進口人在簽訂合同后，向出口人開立履約保證書，由銀行保證進口人按合同規定按期支付價款，同時，出口人也向對方開立還款保證書。如出口人不能按期交貨，銀行保證及時償還進口人已付款項的本金及所產生的利息。
如果保函中未曾寫明預付款保函的擔保金額，將隨保函歸還金額而相應減少，則很可能出現預付款已大部分償還，而保函額不減的局面，業主隨時可能全額沒收保函，而承包商卻不擁有全額預付款（因為很可能在業主沒收保函時，承包商已經償還了部分預付款）。
預付款保函的另一個風險是保函的生效時間先于承包商收到的預付款，承包商在不知情的前提下，業主已經沒收預付款保函而承包商未收到預付款。
還有一種可能的風險，就是預付款已經扣還完畢，而預付款保函沒有及時撤銷，讓業主有機可乘，留下沒收保函之機。
一般情況保函的金額就是預付款的金額。但對預付款的付款時間和合同交貨時間較長而且金額較大的合同，我們在商務談判中可要求保函的金額為預付款金額加上從預付款支付到買方索償這段時間的利息，利率買賣雙方事先商定。除保函另有聲明外，保函擔保金額不因合同被部分履行而減少。