北京大學腫瘤醫院胃腸腫瘤中心二病區擁有的胃腸腫瘤診療和研究團隊，比肩國際胃腸診療中心。共開放床位29張，專長于進展期胃腸腫瘤的手術和綜合、早期胃癌的保留功能手術、低位直腸保肛手術等。主治病種包括胃癌、結直腸癌、胃腸道間質瘤和其他少見胃腸道腫瘤。在多學科討論的基礎上，為每一位患者制定和實施為合理的診療規劃。在中心主任季加孚院長的直接領導下，科室秉承北京大學腫瘤醫院的優良傳統，追求，不斷進步，在臨床、科研、教學等各方面均取得了令人欣喜的成果，保持穩健、嚴謹工作作風的同時，走上了高速發展的快車道。科室人員結構：1、人員構成：主任醫師3人，副主任醫師6人，主治醫師7人，住院醫師2人，護理人員17人。2. 科室主要領導：胃腸腫瘤中心主任季加孚，科主任步召德，護士長趙旻。
科室特色包括：微創手術、外科、疑難手術、功能保留手術、快速康復、病人全程管理。
北京大學腫瘤醫院胸部腫瘤內一科（原胸部腫瘤內科）是以肺癌診治為主、具有深厚沉淀、傳承并不斷發展的研究型臨床專科，多年來一直致力于中晚期肺癌規范化、個體化內科和多學科綜合及相關轉化研究。現有病床36張，醫護人員30名。10名醫生中高級職稱醫師6名，中級職稱醫師3名，初級職稱醫師1名，幾乎所有醫生均具有碩士或博士研究生學歷，3人具有國內外博士后研究經歷。護士隊伍中，主管護師4名，護師8名，本科及以上學歷8名。共同組成一支高素質、高學歷、具有豐富臨床和研究經驗、充滿蓬勃朝氣和積極進取的醫護團隊，醫教研綜合實力達國內水平。
北京大學腫瘤醫院介入科創建于1996年，是一個獨立的、有鮮明特色的臨床科室。目前介入病房有34張床位，醫師13人，其中正高職稱醫生2人，副高職稱5人，中級職稱4人，住院醫師3人，在讀研究生4人。科室配備了GE大平板血管造影系統(4100IQ)，具有大視野DSA功能、三維血管成像和CBCT成像功能，三維血管容積成像使經血管的腫瘤介入準確性和性明顯提高，同時完成的CT斷層重建使經皮穿刺介入功能進一步完善。目前正在安裝配置國際Siemens Miyabi Angio-CT系統，該系統具有滑動64層螺旋CT功能和大平板數字化減影功能，并實現CT和DSA的真正融合，是現代影像學引導介入的典范，推動該科的介入達到國際先進水平。
北京大學腫瘤醫院放療科始建于1976年，同年，我國臺直線加速器在這里自主研制成功。
放療科2000年即在國內較早開始開展三維立體定向適形放療， 2004年在北京市率先開展三維適形動態調強放射，迄今采用調強放療技術患者超過13000例，并取得良好的療效。2008年放療科引進了具有功能的后裝機、大孔徑CT定位機和20套先進的計劃系統， 2009年國內臺VMAT在我放療投入使用;2011年國內臺True Beam投入使用;2012年引進國內首套大孔徑核磁定位系統放射，在放療設備的配置方面達到了國際先進水平。
