根據相關法律規定，農民工工資保證金確實可以使用金融機構出具的保函來替代。《保障農民工工資支付條例》第三十二條明確指出，“工資保證金可以用金融機構保函替代”，這意味著除了傳統的現金繳存方式外，還可以通過保函的方式來滿足這一制度的要求。
預付款保函（advance payment guarantee）承包人要求銀行向業主(發包人) 出具的保證業主所支付的工程預付款用于實施項目的一種信用函件。擔保銀行應為業主所接受。如承包人不履約，業主可憑保函向擔保銀行索賠。
履約保證金不同于定金，履約保證金的目的是擔保承包商完全履行合同，主要擔保工期和質量符合合同的約定。承包商順利履行完畢自己的義務，招標人必須全額返還承包商。履約保證金的功能，在于承包商違約時，賠償招標人的損失，也即如果承包商違約，將喪失收回履約保證金的權利，且，并不以此為限。
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