北京協和醫院創新性提出了“待病人如親人，提高病人滿意度；待同事如家人，提高員工幸福感”的辦院理念；提煉出了“學術、品質、人文”的百年協和內涵；推進醫療服務體系、人才培養體系、科技創新體系、精細管理體系、開放協作體系、黨建文化體系等“六大體系”建設。
曾學軍教授在多項首發基金連續十年支持下開展大型綜合醫院與社區醫療機構合作模式的研究。2005年始主持《社區中老年人健康管理規范》的制訂和推廣，成為國家公共衛生規范項目之一，并于2015年成為國家推薦標準。
北京協和醫院風濕免疫科為了促進中國風濕病的普及與提高，自建科以來，堅持每年舉辦形式多樣的風濕病學講習班和學術會議，編著多部風濕病學專著，同時結合風濕病學臨床的需要開展科學研究，取得了極大的成績，是國家教委風濕病學博士學位授予點、風濕免疫內科博士后流動站、國家教委風濕病學重點學科單位、衛生部住院醫師培訓基地、風濕免疫科專科繼續教育基地、風濕臨床試驗基地、教育部重點實驗室，風濕病學博士生/博士后培養單位，為全國培養了大量風濕病學的專業人才。
今天的北京協和醫院風濕免疫科，是醫療、教學、科研齊頭并進的科室典范，連續12年蟬聯復旦版《中國醫院專科聲譽排行榜》風濕專科榜首，連續9年在《中國醫院/中國醫學院校科技量值（STEM）》風濕病學與自體免疫病學中排名第 一，是中國風濕病學領域當之無愧的“領頭羊”。
