曾學軍教授在多項首發基金連續十年支持下開展大型綜合醫院與社區醫療機構合作模式的研究。2005年始主持《社區中老年人健康管理規范》的制訂和推廣，成為國家公共衛生規范項目之一，并于2015年成為國家推薦標準。
北京協和醫院風濕免疫科科室承擔或參與完成了數十項國家和部委的科研課題，主持和參與眾多國際、國內多中心臨床研究以及高質量單中心臨床研究，發表數百篇SCI收錄論文，主持制定多項風濕免疫病領域臨床診斷和指南，先后獲得12項國家及省部級獎勵，包括3項國家科技進步獎，出版學術專著多部。為開展具有管理科學、規范的、符合國際一 流水平的全國大規模多中心自身免疫病臨床研究奠定了堅實的基礎。
北京協和醫院風濕免疫科的患者90%以上來自外地，患者大多面臨疾病折磨和輾轉求診的雙重困難。為此，科里的醫生們連續多年保持的門診量，以滿足廣大風濕病患者的迫切就醫需求。
面對眾多前來求助的風濕病患者，北京協和醫院風濕免疫科緊抓高質量醫療服務不放松。針對門診及住院患者中的疑難病例，科室每周組織專業組查房進行集中會診；陸續開展線上診療、視頻三級查房，確保患者就醫的連續性；建立完善多個專病門診，縮短患者診療周期，改善患者就診體驗……
