北京協和醫院創新性提出了“待病人如親人，提高病人滿意度；待同事如家人，提高員工幸福感”的辦院理念；提煉出了“學術、品質、人文”的百年協和內涵；推進醫療服務體系、人才培養體系、科技創新體系、精細管理體系、開放協作體系、黨建文化體系等“六大體系”建設。
早在 2006 年北京協和醫院在國內率先設立痛風專科門診，曾學軍教授曾先后組織并參與多個降尿酸的上市前后研究。課題組是國內蕞早開展規范化關節穿刺核實臨床診斷痛風的團隊，多次獲得行業基金等項目支持開展高尿酸血癥和痛風的相關研究，開展流行病學、醫生診療行為醫學、疾病治 療規范制訂與推廣、以及衛生經濟學等研究。
曾學軍教授在多項首發基金連續十年支持下開展大型綜合醫院與社區醫療機構合作模式的研究。2005年始主持《社區中老年人健康管理規范》的制訂和推廣，成為國家公共衛生規范項目之一，并于2015年成為國家推薦標準。
北京協和醫院風濕免疫科被業界稱為中國風濕病學科的“黃埔軍校”。1979年，在“中國風濕病學之父”張乃崢教授的帶領下，北京協和醫院成立了中國蕞早的風濕免疫學組，翻開了中國風濕病學事業的嶄新篇章。四十余年來，在幾代協和風濕免疫人的辛勤奮斗下，科室蓬勃發展，引領并見證了我國風濕病學事業從無到有、自小變大、由弱變強。
