曾學軍教授在多項首發基金連續十年支持下開展大型綜合醫院與社區醫療機構合作模式的研究。2005年始主持《社區中老年人健康管理規范》的制訂和推廣，成為國家公共衛生規范項目之一，并于2015年成為國家推薦標準。
曾學軍教授參與了國內目前所有關于痛風和高尿酸血癥指南的制定工作， 2013 年牽頭制定了《高尿酸血癥社區管理規范草案》，2018年11月在中華全科醫師雜志上發表修訂版《高尿酸血癥社區管理流程的專家建議》，2020年4月再次牽頭制定《痛風及高尿酸血癥基層診療指南》。
北京協和醫院風濕免疫科為了促進中國風濕病的普及與提高，自建科以來，堅持每年舉辦形式多樣的風濕病學講習班和學術會議，編著多部風濕病學專著，同時結合風濕病學臨床的需要開展科學研究，取得了極大的成績，是國家教委風濕病學博士學位授予點、風濕免疫內科博士后流動站、國家教委風濕病學重點學科單位、衛生部住院醫師培訓基地、風濕免疫科專科繼續教育基地、風濕臨床試驗基地、教育部重點實驗室，風濕病學博士生/博士后培養單位，為全國培養了大量風濕病學的專業人才。
面對眾多前來求助的風濕病患者，北京協和醫院風濕免疫科緊抓高質量醫療服務不放松。針對門診及住院患者中的疑難病例，科室每周組織專業組查房進行集中會診；陸續開展線上診療、視頻三級查房，確保患者就醫的連續性；建立完善多個專病門診，縮短患者診療周期，改善患者就診體驗……
