檔案銷毀是保護機密信息的必要措施，需根據檔案類型、數量和敏感度選擇合適的方法，如物理銷毀法、數據擦除法、熱處理法和物理破壞法等。銷毀過程需嚴格控制并記錄，以確保信息不泄露且銷毀工作有效。
物理銷毀法：
碎紙機：使用碎紙機將檔案切碎，使其無法辨認。
焚燒法：將檔案放在高溫焚燒爐中燒毀。
化學處理法：使用化學試劑將檔案中的信息徹底破壞。
檔案銷毀方式：
檔案可以送到指定造紙廠化成紙漿，這是銷毀大批量紙質檔案為常用的一種方式；數量少而又具有機密性的檔案應當先用碎紙機打碎再作處理；以磁帶磁盤、光盤等為載體的檔案，可以采用物理刪除、格式化或焚燒等方式銷毀。無論采取何種方式進行銷毀，都必須嚴格堅持兩人以上監銷的原則。監銷結束，監銷人員須在銷毀清冊上簽字，并注明“已銷毀”字樣和銷毀方式、銷毀日期。已經銷毀的科技檔案，應在目錄上注銷,并對排列順序進行相應調整。
檔案銷毀應當在指定場所進行：
電子檔案和檔案數字復制件需要銷毀的，除在指定場所銷毀離線存儲介質外，還應當確保電子檔案和檔案數字復制件從系統中徹底刪除。銷毀時應當留存電子檔案和檔案數字復制件元數據，并在管理過程元數據、審計日志中自動記錄銷毀活動。涉密檔案的銷毀應當符合《國家秘密載體銷毀管理規定》。