一、赤皮病
此病由于捕撈、運輸過程中碰傷鰍體，或因水質惡化而引起侵入，誘發此病。病鰍的鰭、腹部皮膚及肛門周圍充血、潰爛，尾鰭、胸鰭發白潰爛尤為明顯，危害較嚴重。
防治方法
發現此病可按1立方米水體溶解20克呋喃奈斯水溶液，浸洗病鰍15分鐘～20分鐘；也可用占全池鰍魚體重0.04%的呋喃奈斯拌餌投喂，連喂3天，療效比較顯著。
二、曲骨病
病鰍背骨彎曲，因孵化時水溫異常及缺乏維生素所致。
防治方法
孵化時保持適溫，防止水溫急劇變化，投喂混合飼料。
三、水霉病
由于水溫較低或冬季鰍體受傷，開春后易感染水霉病。病鰍身上長滿白色棉絮狀的水霉。
防治方法
發現此病，用2%～5%的食鹽水浸洗病鰍5分鐘～10分鐘，也可用濃度為10毫克／升的福爾馬林溶液浸洗15分鐘～30分鐘，即可水霉病。
四、寄生蟲病
泥鰍種苗階段常見有車輪蟲、三代蟲等寄生蟲，被寄生蟲侵襲的鰍苗常常浮于水面，急促不安，或在水面打轉。
防治方法
發病魚池可按1立方米水體用0.5克硫酸銅和0.2克硫酸亞鐵制成的合劑全池潑灑。
五、氣泡病
鰍苗階段，由于水中氧氣或其他氣體含量過多，易導致氣泡病。病鰍腸中充氣，腹部鼓起，浮于水面。
防治方法
發病重池，可用濃度為1克／升的食鹽水全池潑灑，或加入新鮮水體。平時投餌要注意適量、多樣化，并加強水質管理，可以預防此病的發生。
六、敵害生物
泥鰍的主要敵害生物有蛙類、水生昆蟲、鳥類及兇猛肉食性魚類。
防治方法
1.清除池邊雜草，保持養殖環境衛生，嚴防蛙類侵入，發現蛙類應及時捕捉，蛙卵要及時撈除；2.進水口要用篩絹網攔好，防止野雜魚隨進水時進入池中；3.發現鳥類，及時驅趕。