無菌凈化是根據GMP在藥品生產中的經驗，為了確保食品的質量，對生產食品的環境中的空氣塵埃粒子和進行過濾清除而達到凈化的目的。
1、食品無菌室嚴格無菌操作，防止微生物污染；操作人員進入無菌室應先關掉紫外燈。
2、食品凈化車間應設有無菌操作間和緩沖間，無菌操作間潔凈度應達到10000級，室內溫度保持在20-24℃，濕度保持在45-60%。超凈臺潔凈度應達到100級。
3、潔凈車間無菌室應保持清潔，嚴禁堆放雜物，以防污染。嚴防一切器材和培養基污染，已污染者應停止使用。
4、潔凈車間無菌室應定期用適宜的液清潔，以保證無菌室的潔凈度符合要求。
5、需要帶入潔凈車間無菌室使用的儀器、器械、平皿等一切物品，均應包扎嚴密，并應經過適宜的方法。
6、工作人員進入潔凈車間無菌室前，必須用肥皂或液洗手，然后在緩沖間更換專用工作服、鞋、帽子、口罩和手套(或用70%的乙醇再次擦拭雙手)，方可進入潔凈車間無菌室進行操作。
7、潔凈車間無菌室使用前必須打開無菌室的紫外燈輻照30分鐘以上，并且同時打開超凈臺進行吹風。操作完畢，應及時清理無菌室，再用紫外燈輻照20分鐘。
8、供試品在檢查前，應保持外包裝完整，不得開啟，以防污染。檢查前，用70%的酒精棉球外表面。
9、凡帶有活菌的物品，必須經后，才能在水下沖洗，嚴禁污染下水道。