實驗室CNAS認可的實驗室認可程序主要分為以下五個階段：
—、意向申請
申請人可以用任何方式向CNAS秘書處表示認可意向，如來訪、電話、傳真以及其它電子通訊方式。
二、正式申請
（1）擬申請實驗室認可的組織應按照CNAS秘書處的要求提供申請資料，并交納申請費用；
（2）秘書處審查實驗室正式提交的申請資料，若發現提供的文件材料不能通過時，會提出補充或修改相關材料的要求，必要時可能安排對申請方進行初訪。
三、評審準備
（1）CNAS秘書處會以公正和非歧視的原則指定評審組，并征得申請人同意。若實驗室申請單位基于公正性原因對評審組的任何成員表示拒絕時，秘書處經核實后會給予適當調整。
（2）評審組審查實驗室提交的管理體系文件和相關資料后，如果發現文件不符合要求時，秘書處或評審組會以書面形式通知申請實驗室認可的組織采取糾正措施。秘書處根據評審組長的提議，認為有必要時，可與實驗室申請單位協商進行預評審。
（3）文件審查通過后，評審組長與實驗室商定現場評審的具體時間和評審計劃，上報CNAS秘書處批準后予以實施。
四、現場評審
（1）評審組會對申請單位在實驗室申請范圍內的技術能力和質量管理活動進行現場評審。現場評審要覆蓋申請范圍的一項或多項活動的所有場所；
（2）評審組在對實驗室的檢測、校準或其它能力進行現場評審時，可參考實驗室參與能力驗證活動的情況及評審結果，必要時安排測量審核。
（3）評審組對授權簽字人進行考核。
（4）現場評審結論分為符合、基本符合（需要對不符合的糾正措施進行跟蹤），不符合三種類型，評審組在現場評審結束時會給出審核發現。
（5）評審組長在末次會議上會將評審報告的復印件提供給被審核方。
五、糾正措施及驗證
（1）申請單位被評審組明確提出需要整改的要求后，應擬定糾正措施計劃，并在三個月內完成整改工作；
（2）評審組對糾正措施的有效性進行驗證，并將整改驗收意見連同現場評審資料報CNAS秘書處。