1、風管位置布置和其他管線位置沖突，甚至送回風管相互沖突。
2、工藝設備與進回風口位置矛盾，設備阻擋進回風口，影響風流，從而影響微生物和微粒控制及出現溫度變化梯度。
3、工藝設備本體散熱、廢油氣排放，此項與設備選型訂貨有關、若考慮不周，后續改造較困難。
4、空調水系統過濾位置，主機供貨商一般要求進出水口另設過濾保護主機。
5、恒溫、恒濕間風流設計，不宜采取風口送回風，會有溫濕度不均勻現象。
6、凈化級別不同區域人流、物流組織不暢，甚至交叉。活菌區和無菌區人流、物流組織不暢，甚至交 叉;物料、半成品、成品及其不合格品的堆放不合理，甚至沒有堆放場所。
7、工藝設備本身排風，會造成局部風量不平衡，改變氣流，特別注意有軸流風機部位，軸流風機噪音消除也應重視。
8、工藝設備數量不確定的空調系統宜預留足夠余量。應考慮增加的工藝設備本身散熱。
9、各種水電預留管線位置、容量與工藝設備的配套 情況。
10、燈具位置和風口位置發生沖突。
11、消防排煙管道和送回風管道的連鎖，排煙管道 將不同潔凈區聯通，甚至將無菌區和活菌區聯通等;
12、排風管道直接將凈化無塵車間和外界串通，甚至將有毒有害氣體直接排入大氣。
13、潔凈區的排水(地漏及其它工藝排水)往往被 設計忽視，這樣就無意中將潔凈間和外界串通，給凈化無塵車間帶來風險。凈化無塵車間的萬級以上區域通常要避免地漏，其它潔凈間地漏也要求設空氣破除裝置，并且平時要求封閉，使用必須有嚴格的操作SOP。設備、水池等排水也要求設空氣破除裝置避免空氣、水倒灌給凈化無塵車間帶來風險。
14、凈化無塵車間的萬級以上區域風管通常需要設置檢修清洗口，風管中采用圓形倒角和轉彎以避免死 角，但在國內設計中通常被忽視。