1、知識產權費用企業要想成功拿下專精特新企業認定資格，是必須要掌握一定數量的知識產權的，而在這一過程中，往往會產生一定的費用，而且這個費用是一定需要支付的。對于專精特新企業認定中有Ⅰ類和Ⅱ類知識產權之分。其中，企業擁有的專利、植物新品種、國家新藥、集成電路布圖設計等屬于Ⅰ類核心知識產權，是專精特新企業認定的首要和必須條件，在高企認定中也會給申請人帶來相應較高的分數。此外，一些非核心知識產權：商標權、域名權、數據庫特別權、商業秘密和科技成果等，對企業來說也是重要的知識產權。
2、人工與時間成本專精特新企業認定是一項非常復雜的工作，其有個特點就是耗時較長、準備周期長。因此專精特新企業認定費用中，必然會有相關的人工與時間成本，這一點是我們需要了解清楚的。
3、中介服務費用很多中小型公司并沒有設置專項人員對接政府的相關項目，也就幾乎沒有人懂得申請專精特新企業，解決的方法無非是兩種：
一是：招聘相關人員幫助企業對接。以目前市場情況來看，相關人員工資成本還是很高的，人員的經驗卻無法保證，申請的成功率更是難以保證。
二是：交給專業的代理機構。這樣公司會更加方便，申請的成功率也變高，所花費的成本和招聘人員基本相同甚至更低。
4、審計費審計費有具有高企審計資質的會計事務所收取，價格根據地區和公司財務狀況而定。
5、查新費查新報告有具有資質的第三方查新企業出具。具體價格視地區和企業狀況而定。
6、產學研由企業和大專院校等機構簽訂的產學研合作協議，協議必須要有，且必須要實際發生，價格根據實際情況而定，產學研費用跨度很大，小的合作萬元左右，大的合作百萬都不止。申請省級專精特新的要求將會逐漸升高，審查機制也會越發嚴格。