檔案編號是對分類排列后的檔案編制檔號。檔號是在檔案整理過程中賦予的一組數字、字符的集合，能夠反映檔案的基本屬性，指示檔案在全宗中的位置。
以件為單位整理檔案，按照年度—機構（問題）—保管期限進行分類的，其檔號結構為：全宗號—檔案門類代碼·年度—機構（問題）—保管期限—件號。
比如，Z109全宗文書類2019年檔案辦公室第1件、Z109全宗照片類2019年檔案第1專題第1件，按照規則確定的檔號為：Z109—WS·2019—Y—BGS—0001、Z109—ZP·2019—Y—001—0001。采用“年度—保管期限”進行分類的，其檔號結構為：全宗號—檔案門類代碼·年度—保管期限—件號。前例檔案，去掉機構（問題）分類要求，按照本規則確定的檔號為：Z109—WS·2019—Y—0001、Z109—ZP·2019—Y—0001。
以卷為單位整理的檔案，其檔號結構為：全宗號—目錄號（類別號、項目號）—案卷號—件、頁（張）號，比如，Z109全宗科技檔案科研項目第1項第1卷第3件、Z109全宗會計檔案2019年度第15卷第21件，按照本規則確定的檔號為：Z109—KJ·KY01—001—0003、Z109—KU·2019—015—0021。