草魚苗在養殖過程中易受多種疾病侵襲。出血病是常見且危害較大的疾病之一，多由草魚呼腸孤病毒引起。患病魚苗體表、肌肉、鰭條等部位出現點狀或塊狀出血，嚴重時全身出血。預防出血病，可在魚苗放養前對池塘徹底，定期用含氯劑對水體。發病時，可投喂含抗病毒的藥餌，同時全池潑灑碘制劑等劑。
爛鰓病也是草魚苗常患疾病，主要由感染引起。患病魚苗鰓絲腐爛，帶有污泥，鰓蓋骨內表皮充血，中間部分常被腐蝕成圓形或不規則透明小窗。預防爛鰓病，要保持水質清新，定期換水。時，可使用二氧化氯等劑全池潑灑，同時在飼料中添加，如恩諾沙星等，連續投喂 3 - 5 天。此外，車輪蟲病也較為常見，由車輪蟲寄生引起，患病魚苗體表黏液增多，食欲減退，離群獨游。防治車輪蟲病，可使用硫酸銅和硫酸亞鐵合劑全池潑灑，或用苦楝樹葉煎汁潑灑。定期對草魚苗進行檢查，做到早發現、早，是防控疾病的關鍵。