八胡鯰魚苗養殖中，水霉病較為常見。水霉病多在魚苗受傷后，由水霉菌感染引起。患病魚苗體表出現白色棉絮狀菌絲，行動遲緩，食欲減退。預防水霉病，在捕撈、運輸和放養過程中，要小心操作，避免魚苗受傷。放養前，用食鹽水或高錳酸鉀溶液對魚苗進行浸洗。發病時，可全池潑灑亞藍溶液，連續使用 2 - 3 天。
腸炎病也是八胡鯰魚苗易患疾病，主要由感染腸道引起。患病魚苗腹部膨大，肛門，輕壓腹部有黃色黏液流出，腸壁充血發炎。預防腸炎病，要保證飼料新鮮、衛生，定期在飼料中添加益生菌，調節魚苗腸道菌群。時，可投喂含氟苯尼考等的藥餌，連續投喂 3 - 5 天。此外，八胡鯰魚苗還可能受到小瓜蟲病的威脅，小瓜蟲寄生在魚苗體表和鰓上，形成白色小點狀囊泡。防治小瓜蟲病，可使用辣椒和生姜煎劑全池潑灑，或用福爾馬林溶液進行藥浴。加強日常管理，保持養殖環境清潔衛生，能有效降低八胡鯰魚苗患病幾率。