花白鰱魚苗常見疾病有打印病，主要由感染引起。患病魚苗體表出現圓形或橢圓形紅斑，好似印章蓋印，病灶部位鱗片脫落，肌肉腐爛。預防打印病，要定期對養殖池塘進行，保持水質清潔。時，可全池潑灑二氧化氯等劑，同時在飼料中添加，如土霉素等，連續投喂 3 - 5 天。
指環蟲病也是花白鰱魚苗常患疾病，由指環蟲寄生在鰓上引起。患病魚苗鰓絲黏液增多，鰓絲腫脹、貧血，嚴重時鰓絲壞死。防治指環蟲病，可使用敵百蟲溶液全池潑灑，或用甲苯咪唑溶液進行藥浴。此外，白皮病也不容忽視，白皮病多發生在魚苗培育階段，由感染引起。患病魚苗尾部或背鰭基部出現白色斑塊，隨著病情發展，白色斑塊逐漸蔓延至全身。預防白皮病，要避免魚苗受傷，保持水質良好。發病時，可全池潑灑含氯劑，同時投喂含磺胺類的藥餌。定期對花白鰱魚苗進行檢查，及時發現疾病并采取有效措施，是保障魚苗健康生長的重要手段。