牛皮紙檔案盒的尺寸規格設計，充分考慮了檔案文件的實際情況和存儲需求。常見的外形尺寸為長 310mm、寬 220mm，這一尺寸能較好地適配國際通用 A4 型（297mm×210mm）文件，方便文件的裝入與取出。厚度方面，一般有 20mm、30mm、40mm、50mm 等多種選擇，使用者可根據文件數量和厚度靈活挑選。比如，存放少量文件的檔案盒，可選擇 20mm 或 30mm 厚度；若文件較多較厚，則可選用 40mm 或 50mm 厚度。
對于一些特殊檔案，如大幅圖紙、成冊書籍等，市場上也有定制尺寸的牛皮紙檔案盒。定制時，需準確測量檔案的長、寬、高尺寸，確保檔案盒能緊密貼合檔案，既不會因過大導致文件晃動，也不會因過小而無法容納。在檔案盒的脊背設計上，也有不同寬度，從 2cm 到 6cm 不等，脊背寬度的選擇同樣取決于檔案的厚度和存儲方式，較寬的脊背可容納更多文件，且便于在脊背上標注檔案名稱和編號，方便檔案上架后的查找。