1、房頂漏水是有很多的原因的，一般防水處理有缺陷：結構層和防水層即使保持原有做法，但一般還要在預制空心板上卷材防水層，因此仍不可避免在女兒墻和天溝沿口等薄弱環節處出現滲漏。特別是剛性防水屋面，嚴重的問題是防水層在施工完成后可能會出現裂縫而漏水。產生裂縫的原因很多：氣候變化及太陽照射引起的屋面熱脹冷縮；屋面板受力后的翹曲變形；地基沉降或墻體承重后坐漿收縮等原因引起的屋面變動；屋面板除變或材料干縮變形等。
2、當然有的人喜歡把屋頂上種植花，植物，或者是菜蔬之類的，屋頂花園水源過多：各種植物的澆灌用水、水池、噴泉等水體用水也極為頻繁，使屋頂又增加了產生漏水的水源。一般建筑物屋頂的排水系統，均未考慮建造屋頂花園所需的種植物滲漏水和水體工程的排水問題，特別是澆灌水和水池午污水中含有植物根葉和泥沙等雜務，會使排水口及管道堵塞，造成屋頂積水和漏水。
3、屋頂建設破壞原防水層：屋頂上建造屋頂花園可能會漏水，而在較容易出現漏水的屋頂防水層上進行多項園林工程施工，這就更容易造成屋頂防水層破壞而導致漏水。即使不打洞穿孔或埋設固定鐵件，如不精心施工，仍會破壞屋頂防水和排水構造，造成屋頂漏水。進行載植有時也會破壞防水層，比如填土時用的鏟子有可能會破壞防水層。