保函的出函機構有：銀行、保險公司、擔保公司。
建設銀行、中信銀行、上海銀行、華商銀行、浦發銀行、郵政儲蓄銀行和一些農商行是比較常見的銀行出函機構，四大行出函多的就是建設銀行，因為保函這個業務緣起建筑行業，建設銀行又正好跟建筑口合作比較緊密，因此，建設銀行對于保函行業再所有的銀行里邊是比較靠前的發展。
常見的出保函的保險公司有：陽光保險、永誠保險、中華聯合保險等等，這些出保函的保險公司主要是財險，但是保險公司的業務實在是太多了，這塊業務再保險公司，不是非常掙錢的業務，所以也不會有多成熟的發展。
擔保公司保函，相對來說規定這個出函機構的，就比較隨意了，不會有太多的要求，只要把保函格式發給甲方確認，甲方說可以，那就可以出，擔保公司保函價格便宜，辦理流程簡單，是非常不錯的選擇。
辦理保函的時候，怎么選擇出函機構呢？
看要甲方規定：比如辦理投標保函，那肯定就是再招標文件上找要求，看看對保函有無具體的規定，要是只寫著可以用保函，那就三個出函機構都可以，這就是哪個辦理費用低，就選擇哪個，反之如果對保函出函機構有具體要求，比如必須是銀行保函，有的還要求，必須是基本戶銀行開出來的保函，因此想選什么機構出保函，要具體根據相關的文件要求來定，不過所有解釋權就是受益人是否同意哪個機構出，就用哪個，這樣是非常保險的。
看費用：去掉一個高的和低的，選中間是合適的，低價容易有陷阱。
看時效：有的辦理當天就可以，有的需要1-2周，看您能接受什么程度？
看資料復雜度：得看看你是否可以提供這些資料，是否可以滿足？
看是否提供反擔保。