商業保函與擔保公司保函在法律上主要存在以下區別：
一、定義與性質
商業保函：通常指由銀行、保險公司或擔保公司等金融機構，應申請人請求，向第三方（受益人）開立的書面信用擔保憑證。其核心在于，當申請人未能履行合同責任時，擔保人將代其承擔一定金額、一定期限內的支付或賠償責任。商業保函具有獨立性，其效力不依賴于基礎交易合同，而是基于擔保人的信用。
擔保公司保函：特指由擔保公司出具的保函。擔保公司作為專業擔保機構，其業務范圍廣泛，包括但不限于提供各類擔保服務。擔保公司保函在性質上與商業保函相似，但更側重于擔保公司的專業性和特定業務場景下的應用。
二、主體與適用范圍
商業保函：涉及三方主體，即申請人、受益人和擔保人（如銀行、保險公司或擔保公司）。其適用范圍廣泛，涵蓋國際國內貿易、工程承包、招投標等多個領域，旨在保障交易或項目的順利進行。
擔保公司保函：同樣涉及三方主體，但擔保人特指擔保公司。其適用范圍可能更側重于擔保公司專業領域內的業務，如中小企業融資擔保、工程履約擔保等。
三、責任承擔與法律效力
商業保函：擔保人承擔性付款責任，只要受益人提出的索賠符合保函條件，擔保人必須無條件支付。商業保函的法律效力主要依據金融法規、國際慣例及合同約定。
擔保公司保函：擔保公司同樣承擔擔保責任，但具體責任承擔方式可能因擔保類型（如一般保證、連帶責任保證）而異。擔保公司保函的法律效力基于《民法典》等民事法律法規，以及擔保公司與申請人、受益人之間的合同約定。